საქაერონავიგაცია მუდმივად ზრუნავს გააუმჯობესოს მომსახურების ხარისხი მომხმარებელთა მოთხოვნების შესაბამისად. კომპანიაში ინერგება ხარისხის მართვის სისტემა, რომელიც ეფუძნება ISO 9001:2015 სტანდარტს, ეროვნულ კანონმდებლობას, EUROCONTROL-ის შესაბამის მოთხოვნებს, სამოქალაქო ავიაციის საერთაშორისო ორგანიზაციის სტანდარტებსა და რეკომენდირებულ პრაქტიკას. კომპანიის ხარისხის მართვის სისტემა აღწერილია კომპანიის მიერ შემუშავებულ ხარისხის მართვის სახელმძღვანელოში.